La sigla iniziale e quella finale di Alias sono state composte dal creatore della serie, J.J. Abrams, mentre la colonna sonora strumentale degli episodi è stata composta da Michael Giacchino. 

Le canzoni che si ascoltano, sono riportate, se possibile, nella guida agli episodi.

La musica dello show è raccolta in due CD; parte di queste composizioni si possono ascoltare sul sito ufficiale dell'autore, Michael Giacchino, a questo indirizzo: www.michaelgiacchino.com/works/aliassite/alias.html

Alias Soundtrack by Michael Giacchino 

Track Listings
1. Main Title (Alias Theme, TV cut)
2. Dissolved
3. Red Hair Is Better
4. Spanish Heist
5. Double Life
6. Tunisia
7. In the Garden
8. Looking For A Man
9. Anna Shows Up
10. Home Movies
11. On To Paris
12. Page 47
13. The Prophecy
14. Badenweiler
15. Arvin At The Poles
16. Sleeping Beauty
17. Bow'd Up
18. It's Not The CIA
19. Oh My God!!!!
20. The Tooth Doctor
21. It Was Anna
22. Wet Suits
23. Ball Buster
24. The End?
25. Bristow & Bristow
26. SD-6 Dance Party

Alias: Season 2 Soundtrack by Michael Giacchino 

Track Listings
1. Main Title
2. On the Train
3. Mother of a Mother
4. Rabat
5. Over the Edge
6. Emily’s Eulogy
7. Fond Memories
8. Post A-Mortem
9. Syd’s Best Alias Yet
10. Going Down?
11. Sydney Implores Dixon
12. Aftermath Class
13. Sarkavator
14. I’m So Promoted
15. I’m So Screwed
16. I’m So Demoted
17. Inferno
18. Do I Have To Do Another Eulogy?
19. Something Fishy
20. Sloane’s Revelation
21. Hitting the Fan
22. Balboa and Clubber
23. Almost Two Years